沼氣發酵不僅是一個生產沼氣能源的過程，也是一個造肥的過程。在這個過程中，作物生長所需的氮、磷、鉀和微量元素基本都保持下來，同時也保存了豐富的氨基酸、B族維生素、各種水解酶、生長素、對病蟲害有抑制作用的的物質或因子。近年來，隨著國家沼氣生態富民工程項目的實施和無公害農產品生產的發展，沼肥在種植業上的應用越來越引起人們的重視，彰顯出許多不為人知的優越性能，被稱為理想的綠色肥料。
一、沼肥的形成
農村沼氣用戶將人畜糞便、粉碎的農作物秸稈等有機物質，投入到密封的沼氣池內，在厭氧條件下，經過多種微生物發酵作用而產生沼氣。沼氣燃燒即放出二氧化碳氣體，在沼氣發酵殘余物中的液體部分稱為沼液，固體部分稱為沼渣。因有機物在厭氧條件下酵解，氮、鉀的損失極少，氮的回收率可達95%左右，鉀的回收率可達90%以上。同時，厭氧發酵有利于腐殖酸含量的提高。因此，沼液、沼渣是營養豐富、優質高效的有機肥料。沼肥在肥效上具有復合性，多效性的特點。沼氣燃燒可產生二氧化碳氣肥，適宜溫室使用氣肥；沼渣含有豐富的有機質，適宜做莖肥；沼液含有多種水溶性的養分，適宜做葉面追肥。長期施用沼肥可起到培育地力，改良土壤的作用。
二、沼肥的施用
1、燃燒沼氣增施二氧化碳 沼氣中一般含有55％--65％的甲烷和30％--45％二氧化碳，燃燒1立方米標準沼氣（甲烷60％、二氧化碳40％）可產生0.975立方米二氧化碳，同時釋放21520千焦的熱量。溫室內利用沼氣增施二氧化碳，應在日出后30分鐘左右燃燒沼氣或點沼氣燈，平均施放速度為每小時0.5立方米左右。一般采用斷續施放的方法，每施放10～15分鐘，間歇20分鐘，在放風前30分鐘停止施放。
2、沼液浸種 用于小麥、水稻和棉花浸種，具有催芽、殺菌和刺激生長的作用。沼液浸種應選用腐熟30天以上的沼液肥，稀釋1～3倍，浸種1～2天。沼液浸種后，發芽率高，發芽整齊，根系發達，長勢旺，比用清水浸種增產10%以上。
3、沼液葉面噴肥 用沼液對果樹進行葉面施肥，能及時補充果樹生長對養分的需求，可增強光合利用率，提高坐果率，提高產量，并對果樹病蟲害有一定的控制作用。將經過厭氧發酵45天以上的沼液從沼氣池水壓間取出，停放2～3天后即可用于果樹葉面噴肥，一般每隔10天1次，采用純沼液為好，氣溫高時應加入適量清水稀釋后噴施。
4、利用沼渣作基肥 沼渣作基肥，既是優質肥料，又是良好的土壤改良劑。施于水田，最好是耕田時施用，使泥、肥結合，每畝施用2000公斤左右；施于旱地，最好集中施用，如穴施、溝施，然后覆蓋一層100毫米左右的土，以減少速效養分揮發。
5、沼肥與化肥混合施用 氨水和碳酸氫銨是生產成本較低的氮素肥料，呈堿性，肥料的養分易揮發損失。沼液與氨水、碳酸氫銨配合施用，能幫助化肥在土壤中溶解，吸附和刺激作物吸收養分，并提高化肥利用率。具體配方是每50公斤沼液肥中加入0.5～1公斤碳酸氫銨或氨水。沼渣肥與過磷酸鈣混合施用，也能提高過磷酸鈣的肥效。
三、施用沼肥的注意要點
1、不要出池后立即施用。一般應先在儲糞池中存放5-7天后再施用；沼渣與磷肥要按照10:1的比例堆漚5～7天后再用效果更好。
2、不要不兌水就直接追施。否則會使作物出現灼傷現象。所以沼肥作追肥時，要先兌水，一般兌水量為沼液的一半。
3、不要在表土上澆施。應采用穴施和溝施的方法，施后蓋土。施用于水田時，應犁耙并均勻地撒施在田面上，然后用犁翻到底層。
4、不要與草木灰、石灰等堿性肥料混施，否則易造成氮肥的損失，降低肥效。
